Es en los siglos X y XI, estando ya el Estado islámico configurado, cuando aparecen las primeras noticias sobre la organización territorial de la Alpujarra, dentro de la cual hay que situar a Canjáyar. Al-Udri, geógrafo originario de Dalías, nos informa de una Alpujarra dividida en distritos, ayza (plural de yuz). El yuz sería un distrito político administrativo integrado por varias alquerías y un hisn o castillo principal que le daría nombre, siendo al mismo tiempo elemento defensivo de las comunidades rurales y representación del poder central. Al-Udri menciona el yuz de Qansayar.
Su castillo debió de estar situado donde hoy se encuentra la ermita de San Blas, «sobre la plataforma superior del pico que domina el pueblo actual por el oeste, verdadero cerrojo sobre el valle del Andarax». La construcción de la ermita en el siglo pasado destruyó la casi totalidad de los vestigios. Ha sido estudiado por P. Cressier, que data los restos cerámicos en los siglos XII-XIII.

En el siglo XIV nos encontramos con una estructura administrativa similar a la división en ayza: son las tahas, que van a permanecer con alguna que otra alteración hasta la expulsión de los moriscos en 1570. La Alpujarra cuenta con 13 tahas, siendo una de ellas la de Lúchar, donde ubicamos la alquería de Canjáyar, que, con la llegada de los cristianos, se convierte en la capital de la taha. La alquería de Canjáyar tenía su hisn y una mezquita mayor.

Sin embargo, Alcora actualmente es una barriada de Canjáyar integrada en su término. Así, al final de la Edad Media, la alquería de Canjáyar era un núcleo rural, dedicado a la agricultura intensiva, fundamentalmente de regadío, y en menor medida a la ganadería. Los cultivos más importantes eran morales, olivos, higueras, parras. Los cereales también tenían gran importancia, sobre todo el trigo y el panizo, dedicados al consumo humano y animal. El regadío necesita de una tecnología para captar el agua, conducirla y regularla.

La captura se hacía por medio de una presa y de acequias. En los hábices de 1530 se cita la acequia de Nieles, en la taha de Lúchar (Trillo San José). Madoz también nos dice que: «entre el cerrillo llamado de Pascual al NO., y el de los Pozos al SO, se ven vestigios de cimientos y cañerías muy raras en todas las direcciones: de donde se infiere que este pueblo fue de mucha mayor consideración en una época cuya remota antigüedad no nos es dado determinar».
El Apeo proporciona una serie de información, como la existencia de las casas, 150, de las cuales sólo se podían habitar 80, estando las restantes en mal estado. Existían cinco molinos de pan, cinco hornos de pan, de los que cuatro eran de la Iglesia, y tres molinos de aceite. No existía mesón ni tiendas públicas. En Canjáyar predominaba, en cuanto a los árboles, el olivar y el conjunto de moral y moreda, cultivándose tanto en regadío como en secano. Las operaciones de repoblación comenzaron en 1574.
A finales del siglo XVIII, en 1788, se crea en Alcora una fábrica nacional de plomo; este hecho repercute también en lascomunicaciones y se construye una carretera para comunicar Presidio (Fuente Victoria), donde estaba la otra fábrica nacional, y Alcora con la costa; de este modo se facilitaba la salida del mineral. En el siglo XIX los naturales del partido judicial de Canjáyar son muy laboriosos y que la mayor parte se dedican a la explotación de minas plomizas, como jornaleros, como partidarios o como rebuscadores.

Canjáyar, cabeza del partido judicial que lleva su nombre, tenía a mediados del siglo pasado una población de 2.200 habitantes y sus casas estaban apiñadas en un terreno muy reducido. A comienzos de ese siglo, en agosto de 1804, se produce un terremoto, que provocó 4 muertos, bastantes heridos, derribó 60 casas y otras 120 tuvieron que ser demolidas. Entre los edificios afectados por el terremoto se encontraba la iglesia, que tuvo que ser reconstruida en gran parte.

También se vio afectada por el terremoto de 1852, que exigió una nueva restauración de la misma. Del siglo XIX es también el santuario dedicado a San Antonio Abad. A finales de siglo se construye el Hospital de San Antonio Abad a expensas de Don Cristóbal Esteban Asensio, quien hizo una fundación, de la que son beneficiarias las mujeres ancianas, necesitadas de medios económicos o faltas del amor y cariño de un hogar. En cuanto a las actividades productivas, Canjáyar continuaba siendo eminentemente agrícola.

En años sucesivos, el parral va a ir sustituyendo a otros cultivos, sobre todo a los frutales, y se van a poner en producción tierras antes incultas por ser de secano. En 1876 Don Juan de la Cruz Esteban promueve y funda el «Cauce Exaltación de la Santa Cruz» o «Acequia Gorda», como popularmente se conoce, para transformar en regadío tierras de secano.

Los años de expansión del parral, entre 1860 y 1885, fueron a su vez de gran prosperidad para el pueblo, construyéndose las mejores viviendas. La demografía nos pone de manifiesto, en su ritmo de crecimiento, cómo sigue, hasta cierto punto, el de la producción. Así, en 1860, Canjáyar contaba con 2.785 habitantes y pasa a tener 3.808 almas en 1910. A comienzos de nuestro siglo, en 1905, se crea el Casino Agrícola e Industrial, y más adelante, en 1913, el Centro de Labradores.

La Primera Guerra Mundial va a suponer un duro golpe para el comercio uvero. El final de la misma significó un alivio para la agricultura de carácter exportador, pero nunca una recuperación, que pronto se va a encontrar con los problemas que le plantea el mercado americano, y finalmente se cierra en 1924. No son pocos los problemas de la producción y comercialización de la uva de embarque que también afectan a Canjáyar. Para tratar de ir paliando algunos de estos problemas, van surgiendo distintas soluciones.

Así, en 1919, el abogado y propietario Don Fernando García Espín promueve, junto con otras personas, la creación de la Sociedad Anónima Mercantil «Productores y Exportadores de Frutas Frescas de Canjáyar»; se trataba de un intento de organización de los parraleros para regenerar el negocio uvero. Esta sociedad perduraría hasta los años treinta.